Yamaha YZF-R6 е другият най-популярен модел от серията YZF, заедно с R1. Неговото производство започна от 1999 г. Новото поколение на R6 предлага един нов тип дизайн със малка задна и масивна предна част, които допринасят за аеродинамиката и внушителния вид на мотоциклета. Двигателят, с който е оборудван е 4-цилиндров, 4-тактов DOHC. 16-клапанов, с обем 599 куб. см. и мощност 129 конски сили. Трансмисията е 6-степенна ръчна, резервоара побира 17,3 литра а стартовата система е електрическа. Цената на обновената Yamaha YZF-R6 от 2009 г. е 22 600 лв.